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      案例頻道

      基于LabVIEW的顯微熒光光譜成像系統
      • 企業(yè):美國國家儀器(NI)有限公司     領(lǐng)域:SCADA-RTU     行業(yè):制藥/醫療    
      • 點(diǎn)擊數:2226     發(fā)布時(shí)間:2009-12-09 20:24:05
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          "在NI視覺(jué)開(kāi)發(fā)模塊的基礎上所開(kāi)發(fā)的顯微熒光光譜分析軟件能夠對采集來(lái)的圖像進(jìn)行相關(guān)圖像處理與光譜信息分析。"

      顯微熒光光譜成像系統的組成

      顯微熒光光譜成像系統(MFSIS)包括以下幾個(gè)部分:光源,分光系統,熒光顯微鏡,圖像適配器,高性能制冷CCD攝像器件,圖像采集卡,圖像生成與處理、圖像顯示等,系統結構如圖1所示。



      圖1   顯微熒光光譜成像系統結構

      工作過(guò)程:高功率單色激發(fā)光源激發(fā)顯微鏡下樣品,使之發(fā)射出特定的生物熒光.依據Stocks定律,熒光波長(cháng)大于激發(fā)光波長(cháng),采用光譜分光元件可以從光譜上將二者分開(kāi)。在系統中可以通過(guò)對線(xiàn)性可變單色濾光片LVF的精確位移控制實(shí)現光譜分辨。通過(guò)LabVIEW軟件控制系統硬件改變其位置,并觸發(fā)圖像采集系統同步工作,即可獲取序列圖像—光譜圖像立方體。采集圖像信號并進(jìn)行處理后,就能夠獲取微區熒光光譜掃描譜圖的詳細信息。使用在NI視覺(jué)開(kāi)發(fā)模塊的基礎上所開(kāi)發(fā)的顯微熒光光譜分析軟件能夠對采集來(lái)的圖像進(jìn)行相關(guān)圖像處理與光譜信息分析。

      顯微熒光光譜成像系統主要有三大功能模塊構成:基于LVF的分光系統控制模塊、序列圖像采集模塊和光譜圖像處理與分析模塊。

      分光系統控制模塊

          光譜儀器的核心部分是色散系統,這是因為光譜儀器的四個(gè)最主要的基本特征即工作光譜范圍、色散率、分辨率和集光本領(lǐng)都決定于色散系統。本系統采用美國OCEAN公司的線(xiàn)性可變?yōu)V光片(LVF)作為色散元件,實(shí)現光譜阻斷或者通過(guò)。

      分光系統的軟件部分主要是利用LabVIEW的串口工具來(lái)控制LVF的運動(dòng)。主要功能包括:

      系統復位

      往復運動(dòng)與指定波長(cháng)位置

      步進(jìn)工作:按照給定的間隔步長(cháng),由按鍵控制電機步進(jìn)

      行程控制與精確定位

      軟件系統中的控制窗口如圖2所示。運行時(shí)的操作過(guò)程為:給定set value的值,電機可以直接運行到指定的波長(cháng)值,并且在current wavelength處實(shí)時(shí)顯示當前波長(cháng),然后根據給定的step值,點(diǎn)擊step按鈕,進(jìn)行電機的步進(jìn)。根據需要,可以隨時(shí)進(jìn)行中斷并復位。運行過(guò)程中,通過(guò)busy指示燈控件反映運行的信息,當程序運行正常時(shí),指示燈閃爍,提示等待信息;當程序發(fā)現錯誤時(shí),指示燈停止閃爍,提示欄會(huì )提示錯誤原因。以便及時(shí)更正錯誤信息。



      分光系統的控制

      序列圖像采集模塊

      顯微序列圖像的采集采用了美國Pixera公司的150CL型高性能冷CCD,配備圖像采集卡,但是該卡無(wú)LabVIEW驅動(dòng)程序。本文中利用LabVIEWDLL動(dòng)態(tài)函數調用功能,通過(guò)對Pixera公司提供控制SDK包的調用,實(shí)現了圖像采集的曝光時(shí)間設置、自動(dòng)增益調節、自動(dòng)對焦、積分時(shí)間調整、黑/白平衡、彩色/灰度切換以及CCD靈敏度設置等多項功能。本文設計了圖像采集的必備子VI,其中包括CCD驅動(dòng)、圖像靈敏度、制冷控制、熒光快速模式等,并將CCD采集到的圖像數據自動(dòng)存入一臨時(shí)文件,采用ReadFileVI,讀取該JPEG格式的圖像文件,顯示在位于面板右側的圖片顯示區中。

      除采用軟件控制外,通過(guò)一個(gè)手動(dòng)按鈕控件??刂撇杉ǖ膱D像CCD采集工作,自動(dòng)完成圖像數據采集、存儲和顯示。此系統工作簡(jiǎn)便,快速,實(shí)時(shí)性強,能夠很好地配合整個(gè)系統工作。

      光譜圖像模塊

          顯微熒光光譜曲線(xiàn)的繪制是本系統的特點(diǎn)之一。如圖3所示,經(jīng)過(guò)光譜掃描得到的序列圖像形成光譜立方體,其中從第0幅圖到第i幅圖分別對應不同的波長(cháng)值,居于圖像中心的像素波長(cháng)值分別為:λ00,λ00,……,λ0i。對于每幅圖象任意像素點(diǎn),通過(guò)光譜計算可以確定其對應的波長(cháng)值和光強度值,由此實(shí)現繪制圖像上任意點(diǎn)的光譜曲線(xiàn)。



      圖 3  序列圖像的光譜構成

      以下以FluorCell#2熒光分子探針顯微熒光光譜成像為例。首先在鏡下調整成像的照明、CCD靈敏度、手動(dòng)調焦,選擇需要細節觀(guān)察的細胞區域。然后設定光譜立方體所需要的熒光采集參數、波長(cháng)步進(jìn)值、圖像內存區、光譜分光速度等,啟動(dòng)序列圖像采集,系統將自動(dòng)按照設定波長(cháng)獲取相應的光譜圖像序列,并將之存儲在指定目錄下,該目錄自動(dòng)設定為當前年月日時(shí)分,采集完成后可按照要求更改。系統工作界面如圖4


      圖4 
      Fluorcell#2的光譜圖像采集

      完成圖像立方體采集后,選擇任意波長(cháng)圖像上感興趣的一個(gè)區域,然后通過(guò)計算,以該區域上每個(gè)像素點(diǎn)的強度中值或平均值為縱坐標,波長(cháng)值為橫坐標,便繪制出了光譜曲線(xiàn),也稱(chēng)為“面域光譜”,如上圖中右下角曲線(xiàn)中的白點(diǎn)。所選定的區域還會(huì )被標記在系統的顯示面板上。

      此外,考慮到圖像立方體中圖像的個(gè)數有限,容易造成曲線(xiàn)的不平滑。所以,我們對光譜曲線(xiàn)進(jìn)行擬合,采用三次樣條內插的方法,使整個(gè)曲線(xiàn)看起來(lái)更加平滑。如圖中右下方的曲線(xiàn)中紅線(xiàn)。

      除光譜曲線(xiàn)繪制的功能外,軟件還增加了一些基本的圖像處理功能,用來(lái)針對圖像立方體中某一幅圖像進(jìn)行處理。主要有以下功能:彩色圖像顯示,RGB直方圖,RGB閾值分割,灰度圖顯示,三維圖,反相圖,圖像增強(圖像均衡化,低通濾波,高斯濾波,平滑濾波),邊緣銳化(拉普拉斯),灰度直方圖,灰度閾值濾波,面積計算與統計,直線(xiàn)強度分布圖。此外,為了方便對圖像立方體中圖像的整體了解,本系統設置了圖像的Flash顯示。即,按照一定的時(shí)間間隔,順序顯示多光譜圖像。從效果來(lái)看,類(lèi)似動(dòng)畫(huà)播放,使觀(guān)察者對圖像上目標的動(dòng)態(tài)信息變化有更好地了解。這種方法同樣可以應用于細胞形態(tài)變化的觀(guān)察。

      應用實(shí)驗

      1.梔子提取物抗病毒性研究

      中藥梔子性味苦寒、歸心肺三焦經(jīng),能瀉火除煩、清熱利尿、涼血解毒,具通瀉三焦火邪的功效,是中醫藥用于治療溫毒疫病的要藥。病毒感染特性:病毒的感染有賴(lài)于病毒吸附蛋白(virus attachment protein,VAP )對細胞表面受體的吸附。病毒吸附蛋白是啟動(dòng)病毒與宿主細胞之間相互作用、建立感染損傷細胞的必然途徑。

      病毒與細胞受體的結合可以用熒光標記,將培養的人喉癌上皮傳代細胞Hep-2和病毒作用分為三組:

      1)實(shí)驗對照組y1,只加病毒,不加藥

      2)先吸附,后加藥組y2

      3)先加藥,后吸附組y3

      每組按照時(shí)間間隔2秒采集圖像,得到各組的時(shí)間序列圖像組,并利用熒光光譜分析系統對圖像組進(jìn)行分析:

      1. 首先以?xún)擅霝闀r(shí)間間隔,分別對三組細胞圖像進(jìn)行采集,各采10幅圖。
      2. 然后對采集來(lái)的圖像進(jìn)行均衡化,平滑濾波以及高斯濾波。
      3. 在濾波后的圖像上選擇目標區域,并將所選區域以及該區域對應的原始圖像區域進(jìn)行顯示與保存。
      4. 對圖像進(jìn)行閾值濾波,以減去細胞外的背景信息。
      5. 求得閾值濾波后細胞的像素面積。
      6. 分別比較三種情況下細胞面積的變化。

                  

      圖5 Hep-2細胞抗病毒顯微光譜分析

      如圖5所示,可以發(fā)現細胞在只加入病毒,和同時(shí)加入病毒和藥物兩種情況下變化趨勢是不同的。前者,細胞在形態(tài)上沒(méi)有明顯的變化,而后者細胞在形態(tài)上都存在較大變化,呈變大的趨勢。因此,可以認定加入梔子提取物對病毒的抑制作用很明顯。

      2.茶葉熒光性綠斑病的研究

      在日照、臨沂和泰安等地、市的茶園中,普遍發(fā)生一種茶樹(shù)成葉病害,其主要癥狀表現為:葉片下表皮局部異常凸起,呈綠色,而且病斑處在光照下能發(fā)綠色熒光,如圖6所示。



      圖6  茶葉的綠斑病

      通過(guò)對病害癥狀演化的系統觀(guān)測發(fā)現:此病害具有發(fā)綠色熒光的特性,且隨病害程度的加重,熒光增強,容易與其它一般病害的癥狀區分開(kāi)來(lái)。所以,掌握和利用這一特性可以幫助我們正確辨認此種病害。我們選定其中一病變區域的熒光測定光譜如圖7。




      圖7   病變區熒光光譜

      總結

      顯微熒光光譜成像技術(shù)是顯微光譜成像技術(shù)中一種常用的方法,對于能夠產(chǎn)生自體熒光和激發(fā)熒光的物質(zhì)來(lái)說(shuō),顯微熒光光譜成像技術(shù)具有顯著(zhù)的優(yōu)勢,包括無(wú)創(chuàng )性,可視性,精確性等特點(diǎn)。

      本文基于LabVIEW軟件構建的顯微熒光光譜分析系統,實(shí)現了數字圖像采集、圖像處理及生物醫學(xué)中光譜圖像分析等功能。系統功能結構復雜,所有工作在一年時(shí)間內完成,相比MSDN來(lái)說(shuō),大大節約了開(kāi)發(fā)時(shí)間,且界面清潔美觀(guān)、操作方便。

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